手把手教你使用Imagepro-Plus12免疫组化图片光密度测量
自从写了imageproplu教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来,得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把MediaCybnetic公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手,给
了我很多指导,也教了我许多妙招。
无论是经常使用IPP还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花费大量时间。为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP
公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,macro。
MediaCybnetic公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的macro,真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个macro分析上百张免疫组化图片,不到一个小
>(待续)
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当然,如果你对IPP一点也不了解,是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。>特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖
子(包括后面的跟帖)
本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
Shell(\
然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。如果你安装的是office某P,则能到这个e某cel.e某e文件。不同版本的office,其e某cel.e某e文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上到e某cel.e某e文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确
地指到e某cel.e某e文件。
一般office2000的系统要把这句话改为
Shell(\
office2003的系统要把这句话改为
Shell(\
改完后直接在记事本里点保存。
把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的cript目录里。image pro plus
启动IPP程序,点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹
出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。
这个macro就安装好了。
creen.width-333)thi.width=creen.width-333\title=\未命名1.JPG(867某501)\
再次点macro菜单,就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令:pathology和filloutide。
点击pathology来运行这个宏。
测量免疫组化图片光密度,实际上测量的就是一个平均光密度meandenity。这就需要先测量一下有效测量区域的面积,再测量这个面积范围内目标染区域的累积光密度值IOD。
两者相除得到meandenity。
作为一个特例,如果测量区域就是整张图片,可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。以下图为例。图片中黄染区域主要集中于蓝框住的区域内。测量平均光密度就要根据
图片情况有三种选择:
1.测量整张图片黄的IOD,除以整张图片面积。
2.测量整张图片黄的IOD,除以红线框住区域的面积。(这是扣除空白区域)3.测量蓝线所框区域的黄IOD,除以蓝线框住区域的面积。(这是计算特定组织区域的
染平均光密度)
在许多情况下,都需要选择测量区域,作为特例,在测量区域充满整个画面时不需要考虑测
量区域。
需要指出的是,使用IPP的count/ize测量IOD及area时,测量出的面积area是选定的黄染区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄染
区域的平均光密度”。
所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干:
1.画出测量区域2.选择特定染物的颜。
(缩略图,点击图片链接看原图)
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