SeqScape v2.0简明操作手册
注意：简明手册只包含此软件的主要操作步骤，仅为方便中国用户参考。详细和准确的操作方法请阅读英文原版手册。英文手册可以从网站上免费下载：www.appliedbiosystems。
1. 软件登录和退出
使用自己的用户名和密码登陆。首次登录可以以SeqScape_Admin的身份进入软件，以便建立新的用户帐户，方法为：在Tools菜单中选择Options，再选择Users，点击NEW，输入用户名，注意用户名中不能含有空格，点击OK。
退出软件可以从File菜单选择Exit，或者点击右上角的X按钮。
2. 参数设置
在Tools菜单中选择SeqScape Manager，然后从右到左依次设定Display Settings (DS)、Analysis Defaults (AD)、Reference Data Group (RDG)和Project Templates等分析参数。
设置DS：选中testDisplaySetting，从File菜单选择Properties，查看各项设置是否符合要求：在General页面为DS取名；在Bases页面选择Show Consensus Quality Values与Show Sample Quality Values；其他参数使用预设值。点击Save以保存设置。
设置AD：选中testAnalysisDefault，从File菜单选择Properties，查看各项设置是否符合要求：在General页面为AD取名；在Basecaller页面选择与所用仪器的型号相一致的Basecaller文件，注意，只有使用带TT后缀的bcp文件，才能产生混合碱基的质量评分；在MixedBases页面，将杂合子的阈值改为30%；其他参数使用预设值。点击Save以保存设置。
设置RDG：从File菜单选择NEW，在General页面为RDG取名；点击Sequence页面，从File菜单选择Import，输入标准序列；在Variants页面，从File菜单选择Import，输入标准序列突变表，在这一步可以修改突变定义；在Structural Data页面设置标准序列的起始碱基和起始密码子，并根据所研究的样品是细菌DNA、线粒体DNA还是其他DNA选择相应的密码子字典；其他参数使用预设值。点击Save保存设置。
设置Project Template：从File菜单选择New，命名并选择参数，点击OK以保存设置。
3.  数据导入
1. 在File菜单选择New Project；选择所需Project Template，输入Project名字，点击New。在主
页面上出现新Project窗口。
2. 手工输入数据：先建立Specimens：从File菜单选择Import Samples To Project或点击按钮，打
开Import Sample页面，点击New Specimen，出现Specimen1。选中Specimen1，再选中数据，点击Add to Selected Specimen。
3. 自动输入数据：如果同一Specimen中的所有样品ID的前缀是一样的话，就可以自动加入。在
Specimen name delimiter中填入delimiter；选择样品数据，点击Add Automatically，点击OK。
软件自动生成的Specimen名称为样品ID中delimiter以前的字符。settings设置中文在哪里
4. Analyze
Samples按钮现在可以使用。
4.  数据处理
1. 数据分析：点击绿箭头按钮，软件开始计算，Basecalling、序列比较、序列拼接、与标准
数据比对、碱基评分、分析报表等工作全部自动完成。
2. 数据查阅：分析完成后，点击Project、Specimen或者Sample，查看不同的内容：
点击Sample，显示的内容类似Sequencing Analysis软件，包括电泳参数的记录Annotation、文本序列Sequence、电泳图谱Electropherogram和原始数据Raw；点击
Show/Hide sample QV按钮，即显示所有碱基的评分。
Specimen内又分成几个文件夹：Unassembled和标准序列文件夹，显示该Specimen内各个样品序列在全长序列中的位置、方向等拼接、比对结果；点击每段标准序列，显示两
个页面：Layout和Assembly，其一为序列的方向位置，其一为全部电泳图谱。
点击Project，显示各个Specimen的consensus sequence；双击任意一个碱基，再点任意一个样本序列左边的三角形，即显示该碱基左右各35个碱基的测序图谱；点击
Nucleotide/Amino Acids按钮，即可将碱基转换成氨基酸。
3. 数据编辑：
打开Analysis Report页面，审阅assembly结果，修改clear range和basecall。
在Layout页面理顺排列：点击Specimen，打开Layout；双击Ref Start，样品即按起始点从小到大的顺序排列；再双击一次，从大到小排列。
在Assembly页面审阅碱基和电泳图谱。显示QV值；通过修改clear range，去掉质量差的数据：方法1：拖动序列中的[或]符号至期望的位置放开，clear range的起止点即自动更新；方法2：右击起始或终止碱基，选择Set CR start [ at selection或Set CR end ] at selection。在specimen assembly and project页面修改碱基：双击选中需要修改的碱基。
编辑突变：在alignment页面比较样品和consensus序列，有两种方法：
方法1：选中project以进入project alignment页面；点击一个summary碱基；点击specimen旁边的三角钮显示电泳图谱。编辑碱基或空格。TAB到下一个突变点或shift-tab到前一个突变点。
方法2：打开一个报告如Nucleotide Variants报告，从Window菜单选择tile，显示Project aligment页面；在variant表中选择一个碱基，aligment页面即自动显示对应位置。在project alignment的consensus序列中右击未知突变，选择Add Variant，可在RDG中增加突变定义。4. 查看报表：软件提供9种分析报表，汇总各种分析结果。
Analysis QC Report
Mutations Report
AA Variants Report
Specimen Statistics Report
Sequence Confirmation Report
Base Frequency Report
Library Search Report
RDG Report
Audit Trail Report
5. 数据保存：从File菜单中选择Save project。
6. 数据输出：从File菜单选择Export，可以选择输出Consensus Sequence、Aligned Sample
Sequence或者各种报表。输出的序列是.fsta格式，报表是PDF格式。
(Last Revised: 2004-01-6)

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