重庆医科大学
硕士学位论文
本地SNP数据库的构建和两序列相似性比对算法的改进
姓名：***
申请学位级别：硕士
专业：生物医学工程
指导教师：***
20050501
重庆医科大学
研究生学位论文独创性声明
本人申明所呈交的论文是我本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特
别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得重庆医科大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料，与我同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。数据结构与算法论文
申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。
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论文作者签名
指导教师签名
日期
英文缩写ＣＡＴＨ
ＣＤＳ
ＤＤＢＪ
ＤＮＡ
ＤＴＳ
ＥＭＢＬ
ＥＳＴ
ＦＴＰ
Ｇｂ
ＧＢＦＦ
ＧＤＢ
ｇｌ
ＨＬＡ
ＨＴＭＬ
ＭＩＰＳ
ＮＣＢＩ
ＮＩＤ
ＯＤＢＣ
ＯＬＡＭ
ＰＡＭ
ＰＩＲ
ＲＦＬＰ
ＲＤＢ
ＲＤＢＭＳ
ＰＩＤ
ＲＭ
ＲＮＡ
ＳＣＯＰ
ＳＱＬ
ＳＮＰ
缩略词表
英文全称
Ｃ１ａＳＳ，Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ，
Ｔｏｐｏｌｏｇｙ，Ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｓｕｐｅｒｆａｍｉ１Ｙ
ｃｏｄｉｎｇｓｅｑｕｅｎｃｅ
ＤＮＡＤａｔａＢａｎｋｏｆＪａｐａｎ
ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄ
Ｄａｔａ—ＴｒａｎｓｍｉＳＳｉｏｎＳｙｓｔｅｍ
ＥｕｒｏｐｅａｎＭｏｌｅｃｕｌａｒ
ＢｆｅｌｅｇｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙ
ＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅｑｕｅｎｃｅＴａｇｓ
ＦｉｌｅＴｒａｎｓｆｅｒＰｒｏｔｏｃｏｌ
ｇｉＩｂｅｒｔ
ＧｅｎＢａｎｋｆｔａｔｆｉｌｅ
ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＤａｔａｂａｓｅ
ｇｅｎｉｎｆｏｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ
ｈｕｍａｎ１ｅｕｋｏｃｙｔｅａｎｔｉｇｅｎ
ＨｙｐｅｒｔｅｘｔＭａｒｋｕｐＬａｎｇｕａｇｅ
ＭｕｎｉｃｈＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＣｅｎｔｅｒｆｏｒ
ＰｒｏｔｅｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅｓ
ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒ
ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ
ｇｅｎｉｎｆｏｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ
ＯｐｅｎＤａｔａｂａｓｅＣｏｎｎｅｃｔｉＶｉｔｖ
Ｏｎ—ＬｉｎｅＡｎａｌｙｔｉｃａｌＭｉｎｉｎｇ
ＰｏｉｎｔＡｃｃｅｐｔｅｄＭｕｔａｔｉｏｎ
ＰｒｏｔｅｉｎＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＲｅｓｏｕｒｃｅ
ＲｅｓｔｒｉｃｔｉＯｉｌＦｒａｇｍｅｎｔ
ＬｅｎｇｔｈＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
ＲｅｌａｔｉｏｎａｌＤａｔａｂａｓｅ
ｒｅｌａｔｉｏｎａｌｄａｔａｂａｓｅ
ｍａｎａｇｅｍｅｎｔｓｙｓｔｅｍ
ＰｏｓｉｔｉｏｎｓｉｄｅｎｔｊｆｉｅＦ
ＲｅｌａｔｉｏｎａｌＭｏｄｅｌ
ＲｉｂｏｎｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄ
ＳｔｒｕｃｔｕｒａｌＣｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ＯｆＰｒｏｔｅｉｎｓ
ＳｔｒｕｃｔｕｒｅｄＱｕｅｒｙＬａｎｇｕａｇｅ
ｓｉｎｇｌｅ－ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ
中文全称
蛋白质分类、结构、拓朴和同源
性关系数据库
编码序列
日本核酸数据库
脱氧核糖核酸
数据传输系统
欧洲分子生物学实验室
表达序列标记
文件传输协议
（磁通势单位）吉伯
基因库标识文件
人类基因组数据库
基因信息识别号
人类白细胞抗原
超文本链接标示语言
慕尼黑蛋白质序列信息中心
美国国家生物技术信息中心
基因信息标识符
开放式数据库连接性
联机分析处理
点接受突变
蛋白质信息资源
限制性长度片段多态性
关系数据库
关系数据库管理系统
位置标识符
关系模型
核糖核酸
蛋白质结构分类数据库
结构化查询语言
单核苷酸多态性
ＳＴＲＳＴＳ
符号
Ａ
Ｃ
ＧＴＵ
Ｓｈｏｒｔ
ｔａｎｄｅｍｒｅｐｅａｔ
ＳｅｑｕｅｎｃｅＴａｇｇｅｄＳｉｔｅｓ
短串联重复序列序列标签位点
碱基（核甘酸）的标准符号
英文全称
中文意义ａｄｅｎｉｎｅ腺嘌呤ｃｙｔｏｓｉＲｅ
胞嘧啶ｇｕａｎｉｎｅ
鸟嘌呤ｔｈｙｍｉｎｅ
胸腺嘧啶ｕｒｉｄｉＲｅ
尿嘧啶
英文全称
Ａ１ａｎｉｎｅＣｙｓｔｅｉｎｅｋｓｐａｒｔｉｃＡｅｉｄＧ１ｕｔａｍｉｃＡｃｉｄＰｈｅｎｙｌａｌａｎｉｎｅＧ１ｖｃｉｎｅＨｉｓｔｉｄｉｎｅＩｓｏｌｅｕｃｉＤｅ
ＬｙｓｉｌｉｅＬｅｕｃｉｎｅ
ＭｅｔｈｉｏｎｉｎｅＡｓｐａｒａｇｉｎｅ
Ｇ１ｕｔａｍｉｎｅＰｒｏｌｉｎｅ
ＡｒｇｉｎｉｎｅＳｅｒｉｎｅ
ＴｈｒｅｏｎｉＲｅＶａｌｉｎｅ
Ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ
Ｔｙｒｏｓｉｎｅ
氨基酸词汇表
中文意义丙氨酸半胱氨酸天冬氨酸谷氨酸苯丙氨酸甘氨酸
组氨酸异亮氨酸赖氨酸亮氨酸甲硫氨酸天冬酰胺谷氨酰胺脯氨酸精氨酸丝氨酸苏氨酸缬氨酸氨酸酪氨酸
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本地ＳＮＰ数据库的构建和两序列相似性比对算法的改进
摘要
生物信息学是生命科学中非常活跃的领域之一，各类生物信息学数据库在近年不断出现，其规模呈爆炸趋势增长，几乎覆盖了生命科学的各个领域，最知名的是三大数据库ＧｅｎＢａｎｋ、ＥＭＢＬ、ＤＤＢＪ。
本文首先详细介绍了ＧｅｎＢａｎｋ的数据结构，分析了ＧｅｎＢａｎｋ中的单核苷酸多态性（ＳＮＰ）数据库的数据字典、以及数据字典之间的相互关系，然后以ＧｅｎＢａｎｋ提供的信息和生物数据为基础，构建了～个二级本地数据库一ＳＮＰ数据库。本课题构建的ＳＮＰ数据库中的所有数据来自于ＮＣＢＩ，通过对下载的原始数据进行整理和提取，全部导入本地数据库，以方便进…步研究使用。数据库的构建以大家熟悉的ＰＣＷＩＮＤＯＷＳ操作系统为系统平台，用中国现在使用最广的ＳＱＬＳＥＲＶＥＲ２０００软件构建。文中给出了构建数据库、数据字典、数据字典之间相互关系和数据更新的
部分代码，最后检索了一部分数据，并加以注释。
在生物信息数据的处理和分析方面，序列比对算法是生物信息学中重要的分析方法之一。本文对两序列相似性比对算法中用到的打分系统作出了进一步的改进，在氨基酸序列比对时不用固定的ＰＡＭ２５０进化距离分值系统，而是根据比对序列的实际情况，动态地改变两比

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