什么是CAPS？
酶切扩增多态性序列（C1eaved Amplified Polymorphic Sequences，CAPS）是一类以PCR为基础的共显性的分子标记，它的基本原理是先用已知位点的DNA序列去设计一套特异性的PCR引物（19~27bp）。然后应用这些去扩增该位点上的某一DNA片段；接着用一种专一性的限制性内切酶切割所得的扩增带并进行RFLP分析。1993年Konieczny和Ausubel首先在拟南芥两种不同的生态型Columbia和Landsberg之间发展出了18套这样的CAPS标记。
根据TAIR（The Arabidopsis Information Resource）最新公布的信息。在拟南芥中又有53套新的CAPS标记被鉴定出来。CAPS标记揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异的信息，特异引物序列来自基因数据库、基因组克隆或cDNA克隆以及克隆的RAPD条带。
CAPS标记是特异引物PCR与限制性酶切相结合而产生的一种DNA标记，它实际上是一些特异引物PCR标记（如SCAR和STS）的一种延伸。当SCAR或STS的特异扩增产物的电泳谱带不表现多态性时，一种补救办法就是用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，然后再通过琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测其多态性。用这种方法检测到的DNA多态性就称为CAPS标记。它揭示的是特异PCR产物DNA序列内限制性酶切位点变异的信息，也表现为限制性片段
长度的多态性。
CAPS标记在实际研究中经常用到。例如，Williamson等
（1994）到了一个与抗线虫病基因Mi连锁的显性RAPD标记REX-1。经克隆测序设计出20碱基特异引物，转化为SCAR标记。但在所有抗感品系都会扩增出一条同样大小的带，无多态性表现。后用限制性内切酶TaqⅠ酶切后，抗感品系间表现了多态性，并能区分纯合、杂合品系，成为与Mi连锁的共显性标记。Caranta等dna多态性
（1999）获得了辣椒中与抗马铃薯Y病毒病和辣椒斑驳病毒病的抗病基因Pvy4紧密连锁的AFLP标记，将8个标记中最靠近的1个共显性AFLP标记转化成了共显性的CAPS标记。
dCAPS
SNP恰好位于限制性酶切位点这种情况还比较少，于是在CAPS标记的基础上通过在扩增引物中引入错配碱基，则可以结合SNP位点引入新的限制性内切酶作用位点，产生和CAPS标记类似的多态性。这就是dCAPS的方法。用CAPS或dCAPS的方法则可以将几乎所有的SNP位点转化成以PCR为基础的分子标记。
简单序列长度多态性（SSLP）即通常所说的SSR
科技名词定义
中文名称：
简单序列xx多态性英文名称：
simple sequence length polymorphism;SSLP定义1：微卫星DNA中由于重复单元的拷贝数不同而造成不同长度的串联重复序列。所属学科：
生物化学与分子生物学（一级学科）；方法与技术（二级学科）定义2：微卫星DNA中由于重复单元的拷贝数不同而造成不同长度的串联重复序列。所属学科：
遗传学（一级学科）；基因组学（二级学科）
本内容由全国科学技术名词审定委员会审定公布
英文
定义
编辑本段
英文
simple sequence length polymorphism，SSLP
编辑本段
定义
简单序列长度多态性是据串联重复排列微卫星基序两侧的单一序列设计引物，对微卫星序列（microsatellite DNA或simple sequence repeats，SSR）进行扩增，由微卫星基序重复数目的变异而产生多态性。
由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。
由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为SSLP，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。
SSLP是一些长度不等的重复序列、有多个等位基因位点，它们多为2-4个核苷酸序列重复（也叫微卫星标记），在不同动植物品系中其重复次数不同，故可用PCR法来检测各该多态性序列的长度，从而快速测定出多种回交后代中标记物的分离方式。基因组中广泛分布，等位性变异丰富，检测手段简便，稳定可靠而受重视，但是微卫星标记要求已知微卫星两侧单一序列信息而使其发展受到限制，同时微卫星标记具有严格的种属特异性也使其应用上受到限制。
SCAR标记
SCAR标记是在RAPD（随机序列扩增多态性）技术基础上发展起来的。SCAR标记是将目标RAPD片段进行克隆并对其末端测序，根据RAPD片段两端序列设计特异引物，对基因DNA片段再进行PCR特异扩增，把与原RAPD片段相对应的单一位点鉴别出来。SCAR标记是共显性遗传，待检DNA间的差异可直接通过有无扩增产物来显示。SCAR标记方便、快捷、可靠，可以快速检测大量个体，结果稳定性好，重现性高。
参考资料：
百度百科：
分子标记

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