mimics中⽂版教程（持续更新版0812）
第⼆章Mimi
本教程的第⼆个例⼦中，我们将为你展⽰Mimics的⼀些基本功能，所要讨论的主题如下：●打开⼯程Opening the Project
●窗⼝化Windowing
●⼆值化Thresholding
●区域增长Region Growing
●建⽴3D表⽰Creating a 3D representation
●显⽰3D表⽰Displaying a 3D representation
●STL+过程STL+ Procedures
●⽣成STL⽂件Generating a STL file
●RP分层过程RP Slice procedures
●⽣成⼀个轮廓⽂件Generating a contour file
●⽣成⽀持⽂件Generating supports
●结果视图View of the end result
1.打开⼯程
在⽂件菜单栏中，选择打开⼯程选项（或者直接⽤快捷键Ctrl+O），打开对话框中将显⽰⼯作⽬录中所有⼯程，双击打开s⽂件。
所有的图⽚都被打开并显⽰在三个视图中，右边视图是轴视图（xy-view或者axial view），左侧上⾯的视图是前视图（xz-view或者coronal view），左侧下⾯的视图是侧视图（yz-view或者sagittal view）。不同颜⾊的交叉线代表了每个视图的等⾼线（contour lines），每条指⽰线能够标记相关视图的切⽚。你可以在任意视图的CT图⽚的任意位置直接⽤⿏标点击你想要操作的位置，交叉线的位置将会到达你所点的位置，所有试图将更新显⽰为相关的切⽚。
如果视图中有些⽅位标记有错需要修改，在File > Change Orientation中打开窗⼝你可以通过右键⿏标选择正确的⽅位。
在菜单栏View > Indicators中可以选择分别关闭刻度线（Trick Marks）、交叉线（Intersection Lines）、分⽚位置（Slice Position）、⽅位字符（Orientation strings）指⽰器。
窗⼝右侧的滚动条可以⽤来转动视图中的图⽚。
在当前⼯程中（Mimi），所有的视图是正确的。如果你想在图⽚集中除去某些不合适的图⽚，⽤教程案例1中的⽅法，在File > Organize Images中进⾏操作。
2. 窗⼝化
⾸先，我们必须把不同视图中的图⽚对⽐度调整到⼀个合适的值。对⽐度的增强，有助于选择不同密度的部分，例如⾻头和脑肿瘤，这个操作可以在任何时候做。
可以在⼯程管理器的对⽐度标签中改变之
对⽐度标签显⽰了⼯程的直⽅图，并且⽤⼀条线代表了“窗⼝”，灰度值或者HU值低于这条线的起点值的地⽅将会显⽰为⿊⾊，所有灰度值在这条线终点值之上的将显⽰为⽩⾊，灰度值在窗⼝值之间的地⽅将显⽰为渐变的灰⾊。
你可以单击⿏标左键拖动“窗⼝线”到想要的位置来改变“窗⼝”的⼤⼩，要想移动“窗⼝”，选择那条线并拖动到新的位置即可。
你也可以在标签底部选择预先定义好的窗⼝。
下⾯将描述想要获得⼀个好的分⽚掩膜需要进⾏的步骤。⼀个分⽚掩膜是你所感兴趣的像素所组成的⼀个你可以进⾏处理的对象。⼀般可以建⽴多个独⽴的或者不独⽴的掩膜，不同的掩膜⽤不同的颜⾊标记。通常要获得最终的掩膜可能需要⼏个不同的掩膜来相互操作⽽得到。
3. Thresholding⼆值化
⼆值化保留分割对象的图⽚中灰度值⼤于或等于阈值的像素，有时需要定义阈值的上界和下界，分割掩膜将保留所有灰度值在上下界之间的像素。
例如，⽐较⼩的阈值选择病⼈的软组织⽐较容易，阈值⽐较⼤则只会保留⽐较稠密的部分。定义上界和下界阈值选择神经部分就⽐较容易。如何定义⼀个好的阈值取决于建模的⽬的，如果你想要⼀个好看的模型，建议使⽤⽐较⼩的阈值，因为这样建出的模型洞⽐较少；相反，如果是为了建⽴义肢的模型服务的话就推荐使⽤⽐较⼤的阈值。
单击Threshold按钮。
通过Threshold Toolbar的滑动条来改变阈值
选择⼀个合适的阈值的窍门：
看不同的图⽚，你可以改变图⽚：
●使⽤arrow，page up和page down
●使⽤窗⼝右边的滑动条
●移动切⽚指⽰器
单击Profile按钮
在轴视图中穿过⾻头画⼀条线：在软组织地⽅单击⿏标左键来标记起始点，拖动⿏标穿过⾻头后单击，这样沿着这条线就产⽣⼀个强度截⾯，这些直横线代表了你现在的阈值。点击Start Thresholding，上下拖动下界直线来设定⼀个好的阈值。如果你想要⼀个好看的模型，就选择⽐软组织强度平衡⽔平稍⾼⼀些的阈值；如果你想做⼀个义肢模型，就把线拖到软组织平衡⽔平和⾻头最⼤值之间。当选择好合适的阈值时，单击End Thresholding保存当前阈值。
过程中你可能需要放⼤图⽚的局部，⽅法如下：⾸先，从zoom按钮旁的下拉菜单，选择Box，点击Zoom按钮，这是光标显⽰为⼀个⼩型放⼤镜，在图⽚上单击⿏标左键，划定放⼤
的区域矩形之后放开则放⼤，若要返回到整个图⽚，单击Unzoom按钮
对Mini来说，⼀个好的阈值⼤约是270（Hounsfield scale），阈值在Threshold⼯具栏的Min.box 中显⽰。要结束阈值选择，单击Apply按钮。
slice中文在Thresholding操作之后，将创建⼀个绿⾊掩膜，在⼀个⼯程中你可以有不同的掩膜，但你只能在有效掩膜上进⾏操作，在⼯程管理器重的掩膜选项卡中选取掩膜则该掩膜变为有效掩
膜（被激活）。如果⼯程管理器没打开，在菜单栏view中选择⼯程管理器按钮
如果想隐藏某些掩膜，点击对应的眼镜即可。
4. Region growing 区域增长
区域增长⼯具能够将⼆值化得到的分割分成⼏块，同时去除漂浮像素
单击Region growing按钮或快捷键Ctr+R，⿏标的光标现在显⽰为⼗字，同时可看到
Region Growing窗⼝在屏幕上显⽰。
选取源掩膜（这⾥取Green）和⽬标掩膜（⼀个新掩膜），在感兴趣的对象（头⾻的⼀部分）的绿⾊区域单击⿏标左键，此时程序开始计算新的分割，所有当前分割对象中与标记点相连接的点将组成⼀个新的掩膜，这个新的分割标记为黄⾊。
点击Close按钮关机Region growing 窗⼝
在视图⼯具栏中选择Yellow掩膜，隐藏绿⾊掩膜之后可检查Yellow掩膜是否正常。
在不同图⽚中（不同视⾓？）检查掩膜
当检查图⽚之后，如果⼀切正常，则可以建⽴3D图形了。
提⽰：在区域增长之前必须进⾏⼆值化，因为⼆值化以后所有之前做的⼯作都没掉了。
5. 创建⼀个3D表⽰
在掩膜标签中你能够看到所有之前创建的掩膜以及他们各⾃的阈值，这些掩膜的名字是Green和Yellow，被选中的掩膜则为active的。
现在你暂时还知道Yellow掩膜包含头盖⾻，但⼀个⽉之后，当你重新载⼊该⼯程的时候，你可能很难记起你所存储的结果，因此，最好重命名掩膜，⽅法为单击Yellow为可编辑状态，输⼊新名字即可。
单击Calculate 3D按钮
“Calculate 3D Models”对话框显⽰
这时你可以选择⽤哪些掩膜来创建3D模型，多选的话只需按住Ctrl键选择即可，这个例⼦中只选择skull掩膜，单击Calculate 按钮，则⽣成⼀个3D对象
你可以设置所⽣成模型的可视化质量，这个只是在屏幕上显⽰的效果，不影响你在RP机器上实际创建的模型。当然，质量越低，⽣成模型的时间越少，且之后加载的时候占⽤的内存也就越少。
6. 显⽰⼀个3D表⽰
你可以在右边垂直的3D⼯具栏上设置不同⽣成的3D模型的可见性，这也可以在⼯程管理器的3D对象标签中点击⼩眼镜来设置。
当3D图像加载之后，可进⾏以下操作：
●通过按钮来旋转模型，此按钮在3D窗⼝的右侧，或者点击⿏标右键移动来旋转●通过按钮来选择不同的标准视⾓，如顶部，前⾯，底部等
●通过按钮来进⾏缩放，通过按钮进⾏移动
●右键选择Color选项，可以改变模型的颜⾊
点击Toggle Transparency按钮可以设置模型显⽰为透明的，你可以单击3D对象标签的透明度⼀栏的按钮选择不同的透明程度（high-medium-low-opaque）

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