IQtree构建系统发育树详细教程
IQtree是利用最大似然法构建系统发生树的软件。于2014年11月问世，目前引用达上千次。该软件提供Windows（64/32位）、Linux（64/32位）和Mac 版本。下面详细演示如何基于iqtree2构建系统发育树。
1.首先下载用于建树的序列，把这些序列放到同一个fasta文件里，每条序列的
标签名要以“>”开始并且序列标签名中不要有空格和标点等，不然后续无法识别。（例：> Penicillium_aculeatum_ITS，然后再另起一行放上碱基或蛋白序列）。
将序列文件保存成fasta格式（注：iqtree软件也可载入Phylip、nexus格式的序列文件）。
2.将上述的fasta格式序列文件采用Mega软件进行alignment序列处理，然后
再次保存成fasta格式。
3.随后下载iqtree建树软件，本例子中iqtree的版本是2.1.3；将其解压到计算
机的D盘，名为iqtree2_1_3_Windows的文件夹内了，打开该文件夹会看到名为bin的文件夹，咱们用于建树的iqtree2软件就在这个文件夹内。接下来就可以调用电脑的cmd代码输入终端进行建树了。具体操作流程如下：
4.将步骤2中经过alignment后的fasta文件移动到你安装有iqtree2的那个文件
夹中，本例中即为bin的文件夹。见下图红框选出的即为经过alignment后的建树用的fasta序列文件。
5.调用电脑cmd代码输入终端：即，点击电脑左下角的windows图标，输入cmd
再点击回车键即可进入代码输入端。
bootstrap3菜鸟教程6.因为上文我们讲到，用于建树的iqtree2软件和序列文件都在电脑的D盘里的
名为iqtree2_1_3_Windows文件夹内的bin文件夹里，所以要进入到这个bin 的文件夹我们才可以调用建树软件，接下来的步骤将演示调用建树软件。7.输入D：点击回车即可进入D盘；再输入cd iqtree2_1_3_Windows即可进入
iqtree2_1_3_Windows文件夹；再输入cd bin即可进入bin文件夹。进入后的界面如下图：

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