Roary的使用方法主要分为以下步骤：
1. 输入文件准备：Roary要求的输入文件是GFF3格式的文件，且文件中需要有FASTA格式的全基因组信息。在Genbank中的GFF文件只有注释信息且缺少基因组序列，因此需要下载.gbff格式的文件。或者，可以使用Prokka软件将FASTA格式的基因组数据转化为GFF格式，也可以作为Roary的输入文件。
2. 选择参数：Roary有许多可调整的参数，例如最小BLASTP百分比identity，可以改变这个参数来控制用于生成core基因集的基因间BLASTP百分比identity的最小值。默认值为90%。
3. 运行Roary：将准备好的输入文件和选定的参数值交给Roary，即可生成core基因集。例如，要生成一个core基因集，可以在终端中输入以下命令：roary -i 90 *.gff。
bank文件
以上步骤仅供参考，建议阅读Roary使用手册或访问相关网站获取最新和最准确的信息。

版权声明：本站内容均来自互联网，仅供演示用，请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198，我们将在24小时内删除。