如何在64位Red Hat 5.2 Enterprise linux下安装VASP
一 安装linux系统
采用的系统是64位Red Hat 5.2 Enterprise linux,两个CPU 8核, 内存12 G 。利用光盘安装,进入安装界面
直接回车安装系统
这里跳过光盘检测
“Next” 开始安装
选择语言“English”
选择美国英语式键盘
这项可以选择输入序列号,也可以选跳过(不输入序列号),然后单击Next。
因为我们想装双系统,原来已经有window 7系统,所以选择自定义安装,Create custom layout,接下来单击“Next”。
根据需要创建分区:基本分三个区/boot区(ext3),/区(ext3),swap区。
这里直接下一步
修改主机名(例如linux也可以不修改),这里我们是单机运行,所以没有配置网关和DNS。
选择时区
输入“root”密码
这里我们选择Software Development ,如果前面没有注册的话,这里可能没有Virtualization这一项。如果你想选择你需要的软件的包,那就选择Customize now,我们选择Customize later这一项,一般按默认安装就已经能满足我们的需要。
选择“Next”开始安装程序
安装完成后,光盘弹出,重启系统。
系统安装完成后,安装vasp需要以下的安装软件:编译器和数学库,我们选择intel的,编译器和数学库是在一起的;fftw(傅里叶变换);vasp库和vasp源代码;vasp所需的赝势库;mpi并行包。这些软件放在指定的目录里:/home/film/yanghua/。在这个目录下,分别建立四个文件夹ifort,fftw,mpich2,vasp,将这些软件对应放入各自的文件夹。
二 安装intel编译器和数学库
首先进入压缩包所放的目录/home/film/yanghua/ifort (目录可以更改)下,在此目录下打开一个终端,输入命令:
解压 tar –zxvf l_fcompxe_intel64_2011.
进入安装包 cd l_fcompxe_intel64_2011.4.191
安装 ./install.sh 回车
选择 1 view the license agreement
一直敲空格读完
输入: accept 回车
选择 3 alternative activation*****necessary
选择 2 use a licensefile
输入 ifc.lic 文件所在的全路径,到文件。
选 1,选1,回车=====> OK
设置环境变量,输入如下命令:
vi ~/.bashrc
出现下面一个文本,按字母I进入插入模式,加入以下两行后:
export PATH=/opt/intel/composerxe-2011.4.191/bin/intel64/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composerxe-2011.4.191/mkl/lib/ intel64/:$ LD_LIBRARY_PATH
按 esc建退出插入模式,输入:“:wq”回车保存。
输入命令: source ~/.bashrc 永久保存。
在终端输入:which ifort 出现/opt/intel/composerxe-2011.4.191/bin/ intel64/ifort,或者输入:
ifort -V出现版本的相应信息,说明编译器安装成功。
三 安装fftw-3.1.2
事先将安装包放在指定目录/home/film/yanghua/fftw(目录可以更改)下,进入后打开终端,输入以下命令进行安装:
解压 tar -zxvf fftw-3.1.
进入安装包 cd fftw-3.1.2
检查环境并指定安装目录./configure --prefix=/home/film/soft/fftw GCC=ifort F77=ifort --enable-mpi,安装路径可以更改。
进行编译 make
编译安装 make install all
到此,fftw-3.1.2安装成功。
linux完全安装四 安装VASP库
进入事先指定的目录/home/film/yanghua/vasp (目录可以更改)下,进入后打开终端,输入以下命令进行安装:
解压tar -zxvf vasp.5.
进入安装包 cd vasp.5.lib
显示安装包中文件 ls
更改文件名字 cp make.linux_ifort_P4 makefile
新生成makefile,打开进行修改,将FC=ifc修改为FC=ifort,保存退出。
进行编译 make。
五 VASP 串行编译
进入指定目录/home/film/yanghua/vasp(目录可以更改)下,进入后打开终端,输入以下命
令进行安装:
解压tar -zxvf vasp.5.
进入安装包 cd tar -zxvf vasp.5.2
显示安装包中文件 ls
更改文件名字 cp make.linux_ifort_P4 makefile
将/home/film/yanghua/fftw-3.1.2/api/fftw3.f 拷贝到解压后的VASP安装源代码文件夹下(/home/film/yanghua/vasp/vasp.5.2)。
修改makefile文件。如下所示,如何更改见红标记。
# all CPP processed fortran files have the extension .f90
SUFFIX=.f90
#-----------------------------------------------------------------------
# fortran compiler and linker
#-----------------------------------------------------------------------
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