中心LAMMPS使用指南
1、以下内容中hpc-user表示用户已开通的高性能帐号；login node表示不同分区登录节点；
2、文件及文件夹命名方式仅供参考；
3、在开始操作之前，建议使用者熟悉Linux操作的几个常用命令（例如：vi或vim、cd、mkdir、ls、pwd等）。
1、在电脑上用Xshell客户端（或其他类似软件）登陆高性能账号，一些用户在登录后还会有进一步消息显示用户类型、剩余核数和账户到期时间。
2、若不知道自己的高性能帐号在哪个分区，登陆帐号以后输入：pwd，可以看到如下图，home-xx后面的xx就是高性能帐号所在的分区（图中为GG分区）：
3、在账号下创建放计算任务的文件夹（该名称可以用模型名称命名或者根据自己习惯命名)：
4、创建后进入该文件夹：
5、提交一个lammps任务需要输入文件input、结构文件data、势函数文件和脚本文件。前三者一般需要用户根据自己的算例自行由本地上传。用FTP工具（可选择xftp）登录高性能帐号，将文件上传至该文件夹下。
6、如用户没有自己的算例或只是单纯想测试lammps性能，可采用中心提供的模板算例。在/home-gg/soft/packagedir/lammps/lammps-2019Aug07/bin文件夹下把文件input、+V和2004-eam-Zhou复制至当前文件夹（句末的点也需要输入，注意cp后、.前有空格，其他分区的路径将home-xx中的xx换成所在分区的名称即可）：
Zhou .
vim最全使用指南
7、创建或拷贝提交作业的脚本文件lammps-2019Aug07_GG.lsf（也可在Windows系统写好以后用FTP工具上传；现以GG分区直接从公共目录中拷贝2019Aug07版本为例），GG分区LAMMPS软件脚本的路径在/home-gg/soft/jobscripts中。先查看脚本是否存在，图中lammps-2019Aug07_GG.lsf即为所需脚本：
8、采用您最熟悉的方式将上述脚本拷贝至需要提交任务的文件夹中（若使用下述方法，注意句末的点也需要输入，cp后、.前有空格）：
9、修改模板脚本：
10、输入字母“i”，进入编辑模式。脚本内容如下，部分内容需要根据情况进行修改：注意：
1、APP_NAME=intelG_mid为提交作业计算的队列，不同的分区、不同的核数所使用的队列不相同，参见各分区提交作业脚本及队列说明；
12、将脚本文件转换为UNIX格式（如从Windows系统上传的话必须要转换，不然提交作业时会报错；若直接拷贝公共目录中的脚本，并在Linux环境中进行修改，则可以省略步骤9、10。若提交作业的脚本名称不为为lammps-2019Aug07_GG.lsf，则需要修改为对应的脚本名称）：
13、赋予脚本文件可执行权限：
hpc-user@login node:~lammps> chmod +x lammps-2019Aug07_GG.lsf
14、提用bsub命令提交作业脚本：
15、如果提交正确，则会出现“Job <> is submitted to queue .”内容（其中Job后面的<；数字>为JobID，在计算出现问题时，请及时告知JobID，保留计算的输出文件）。
16、查看任务是否计算完成，可以使用bjobs -l JobID命令（当出现：Done successfully. The CPU time used is xxxx seconds说明计算结束）：
hpc-user@login node:~lammps> bjobs -l
17、任务计算结束后，可以查看输出文件，检查任务是否计算成功（若输出文件名称不为output则需修改为相应名称）：
18、如果计算成功，在输出文件output的最后会出现如下部分：
19、计算完成后，用FTP工具将文件下载后，进行分析。

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