中心NAMD使用指南
1、以下内容中hpc-user表示用户已开通的高性能帐号；login node 表示不同分区登录节点；
2、在编译节点也可以提交任务；
3、文件及文件夹命名方式仅供参考；
4、在作业提交之前，建议使用者熟悉Linux操作的几个常用命令（例如：vi或vim、cd、mkdir、ls、pwd等）和NAMD建模。
一、作业提交
1、在电脑上用Xshell客户端（或其他类似软件）登陆高性能账号，若不知道自己的高性能帐号在哪个分区，登陆帐号以后输入：pwd，可以看到如下图，home-后面的就是高性能帐号所在的分区（图中为GG分区）：
2、如需直接提交作业，在高性能账号下创建放计算任务的文件夹test/NAMD/apoa1（该名称可以根据自己习惯命名）：
hpc-user@login node:~> mkdir -p test/NAMD/apoa1
3、用FTP工具登录高性能帐号，将计算所需的输入文件通过XFTP上传至账号目录下test/NAMD/apoa1：
4、切换至Xshell界面，进入算例文件夹中：
hpc-user@login node:~> cd test/NAMD/apoa1
5、创建或拷贝提交作业的脚本文件namd-2.10_GG.lsf （也可在Windows系统写好以后用FTP工具上传；现以GG分区直接从公共目录中拷贝为例），G分区NADM软件脚本的路径在/home-gg/soft/jobscripts/中。先查看脚本是否存在，图中namd-2.10_GG.lsf即为所需脚本（其他版本无法跨节点）：
6、采用您最熟悉的方式将上述脚本拷贝至需要提交任务的文件夹中（注意cp后、./前有空格）：
7、修改模板脚本：
hpc-user@login node:~/test/NAMD/apoa1> vi namd-2.10_GG.lsf
8、输入字母“i”，进入编辑模式。脚本内容如下，部分内容需要根据情况进行修改：
1、APP_NAME=intelG_mid为提交作业计算的队列，不同的分区、不同的核数所使用的队列不相同，参见各分区提交作业脚本及队列说明；
2、NP=12为计算该作业设置的核数，可以根据任务的需要进行修改。除FN分区外，其他分
区每个节点12核（FN分区32核），需要跨节点并行时，建议使用12的多倍值（新节点除外）；
3、、为输入、输出文件名，要修改为需计算任务的名称。
#!/bin/bash
APP_NAME=intelG_mid
NP=12
NP_PER_NODE=12
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD
source /home-gg/soft/envdir/namd-2.10.sh
mpirun -np $NP namd2  >
vim最全使用指南
9、按下键盘上的esc键后，输入:wq保存脚本文件，并退出。
10、将脚本文件转换为UNIX格式（如从Windows系统上传的话必须要转换，不然提交作业时会报错；若直接拷贝公共目录中的脚本，并在Linux环境中进行修改，则可以省略步骤10、11。若提交作业的脚本名称不为namd-2.10_GG.lsf，则需要修改为对应的脚本名称）：
hpc-user@login node:~/test/NAMD/apoa1> dos2unix namd-2.10_GG.lsf
11、赋予脚本文件可执行权限：
hpc-user@login node:~/test/NAMD/apoa1> chmod +x namd-2.10_GG.lsf
12、用bsub命令提交作业脚本：
hpc-user@login node:~/test/NAMD/apoa1> bsub namd-2.10_GG.lsf
13、如果提交正确，则会出现如下内容（其中Job后面的数字为：JobID，每个任务的JobID不一样，可根据JobID查看该任务情况，出问题时，请及时告知JobID，保留计算的输出文件）：
Job <> is submitted to queue <intelG_mid>.
14、查看任务是否计算完成，可以使用bjobs命令（当出现：Done successfully. The CPU time used is xxxx seconds说明计算结束）：
hpc-user@login node:~/test/NAMD/apoa1> bjobs -l
15、任务计算结束后，可以查看输出文件，检查任务是否计算成功（作业脚本中指定的输出文件）：
hpc-user@login node:~/test/NAMD/apoa1>tail
16、如果计算成功，在输出文件的最后会出现如下部分：
二、短时间使用软件相关命令
∙1、NAMD软件安装完成后会生成如下可执行文件：
∙2、若需直接使用NAMD软件的可执行文件进行短时间文件处理或操作，必须进入编译节点，进入编译节点方式及IP地址详见各分区编译节点，请选择相应分区的编译节点：ssh +编译节点IP/名称。
∙3、需把脚本中关于NAMD的环境变量拷贝/添加至账号的~/.bashrc文件下即可（以GG分区为例，添加/home-gg/soft/envdir/namd-2.10.sh）：
hpc-user@compiling node:~/test/NAMD/apoa1> vim ~/.bashrc
∙4、按下键盘上的esc键后，输入:wq保存脚本文件，并退出。
∙5、需要执行source ~/.bashrc，才能使其生效（若已经添加，则不用再添加，直接进入编译节点进行操作即可）。
∙6、即可进行短时间文件处理或操作。

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