mega的使⽤
MEGA的使⽤
产⽣背景及简介
随着不同物种基因组测序的快速发展，产⽣了⼤量的DNA序列信息，这时就需要⼀种简便⽽快速的统计分析⼯具来对这些数据进⾏有效的分析，以提取其中包含的⼤量信息。MEGA就是基于这种需求开发的。MEGA 软件的⽬的就是提供⼀个以进化的⾓度从DNA和蛋⽩序列中提取有⽤的信息的⼯具，并且，此软件可以免费下载使⽤。
现在我们使⽤的是MEGA4的版本。它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。使⽤它我们可以编辑序列数据、序列⽐对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。此软件的输出结果资源管理器允许⽤户浏览、编辑、打印输⼊所得到的结果⽽且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地⽅。在计算矩阵⽅⾯有⼀些⾃⼰的特点：
1.推测序列或者物种间的进化距离
2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的⽅法构建系统发育树
3.考虑到了不同碱基替换的不同的⽐率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4.随时可以使⽤标注：所以的结果输⼊都可以使⽤标注，⽽且标注的内容
可以被保存，复制。
具体使⽤
我们以分析20个物种的⾎红蛋⽩为例来具体说明此软件的具体使⽤情况。⼀．启动程序
1.运⾏环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista等操作系统下均可使⽤。
2.下载安装：可以直接登陆www.doczj/doc/d5e9bde30722192e4436f6c6.html 进⾏下载安装，另外还可以
从www.doczj/doc/d5e9bde30722192e4436f6c6.html /tools/phylogeny.php中的链接进去。
3.双击桌⾯快捷⽅式图标，进⼊主界⾯；或者从开始菜单，单击图标启
动。
⼆．序列分析。
1.启动
字体免费的软件
单击后，会出现如下界⾯：
这⾥有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何⽐对的时候使⽤，⽐如你只有⼀个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。
Open a saved alignment session：使⽤它可以打开⼀个我们已经⽐对好的序列⽂件；
Retieve a sequence from a file ：这种情况同第⼀种情况相似，只是不⽤选择是DNA 还是蛋⽩质序列⽐对，选择的也是fasta格式的⽂件，打开后的界⾯都是⼀样的。
以第⼀种情况为例说明。
点击如出现下界⾯：
这⾥我们分析的是蛋⽩序列所以选择No。点击出现如下界⾯：
然后从data菜单选择输⼊数据⽂件如图：
选择你保存的fasta格式序列后就会出现：
下⾯介绍菜单的使⽤：
Data：
Creat a new ：创建⼀个新的数据⽐对⽂件，也就是说当我们⽐对完⼀组后，想接着⽐对另⼀组，那么使⽤它就可以不⽤退出直接把数据⽂件导⼊；Open：打开先前已经⽐对并保存好的⽂件，它包含两个⼦菜单：retive sequence from file和saved aligment session ；
Close: 关闭当前的⽐对数据⽂件；
Save session：保存当前⽐对结果，可以给⽐对的结果⼀个⽂件名；
Export alignment：将当前的序列⽐对结果输出到指定⽂件，有两种输⼊格式可供选择：MGTA和FASTA.
DNA sequence：使⽤它来选择输⼊的数据DNA序列，这⾥需要说明的是如果你输⼊的数据是氨基酸序列的话，⽐对窗⼝只显⽰⼀个标签，若是DNA序列
的话则显⽰两个标签，⼀个是DNA序列的，另⼀个是氨基酸序列的。如图：
Protein sequences：选择输⼊的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基位点来对待。
Translate/untranslate：只有⽐对的序列是编码蛋⽩的DNA序列的时候才可⽤。它可以根据指定的遗传密码表将DNA序列翻译成特定的氨基酸序列。
Select genetic code table：使⽤它将编码蛋⽩的DNA翻译成特定的蛋⽩序列。
Reverse complement：将选择的⼀整⾏的DNA序列变为与之互补配对碱基序列。
Exit alignment explorer：退出序列⽐对的资源管理窗⼝。
Edit菜单：
使⽤这个菜单可以对我们的⽐对序列进⾏想要的⼀些编辑⼯作具体为
Undo：撤销上⼀步操作；
Copy：复制；cut：剪切；Paste：粘贴；前⾯三个操作都可以只针对⼀个碱基或氨基酸残基也可以是⼀段甚⾄是整个序列；
Delete：从⽐对表格中删除⼀段序列；
Delete gaps：去掉序列中的空缺；
Insert blank sequence：重新插⼊⼀空⾏；标签和序列都是空的；
Insert sequence from file：从已保存的⽂件中插⼊新的序列；
Select sites：选择⼀列序列，与点击⽐对表上⽅的灰⽩空格作⽤类似；
Select sequence：选择⼀⾏序列，与点击⽐对表格左侧的标签名作⽤类似；
Select all：全选；
Allow base editing：只读保护，只有选择后才能对序列进⾏编辑操作，否则所以的序列为只读格式，不能进⾏任何编辑操作。
Search菜单：
⽤来快捷查序列中的标记未定或者⽬的碱基或残基。
Find motif：选择后出现如下对话框：
输⼊你想要查看的⼀⼩段序列。到后会以黄⾊标出；
Find next：在序列的下游查⽬的序列⽚段；
Find preious：在序列的上有查⽬的序列⽚段；
Find marked sites：查标记位点；
Highlight motif：突出标记已经选择的位点。
Web菜单
这个菜单提供⼀个链接Genbank的⼊⼝，可以在⽹上直接做Blast搜索。当⼿上没有准备好要⽐对的序列时，可以直接去⽹上搜索。
Query gene banks：开启NCBI的主页；
Do blast search：开启NCBI BLAST主页；
Show browser：开启⽹页浏览器。
Sequencer菜单
此菜单下只有⼀个⼦菜单：edit sequencer file，⽤来打开⼀个打开⽂件对话框，此对话框可以打开⼀个sequencer data file，⼀旦打开，这个⽂件就在trace data file viewer/editor的对话框中展⽰出来。这个编辑窗⼝允许你查看和编辑automatd DNA sequencer 产⽣的trace data。它可以阅读和编辑ABI和Staden格式⽂件并且序列可以直接被导⼊到序列⽐对窗⼝或被上传到⽹页浏览器做blast搜索。
Display菜单：
这个菜单相对简单，主要⽤来调整⼯具栏。
Toolbars：⼯具栏菜单，它包含⼀些⼦菜单，选择后就会出现在⽐对的窗⼝中；
Use colors：将不同的位点以不同的颜⾊显⽰；
Background color：选择后位点的显⽰与位点⼀样的背景颜⾊；
Font：字体对话框，通过选择来调整窗⼝中的序列字符的⼤⼩。
最后，结合实例来介绍alignment 菜单
Mark/unmark site：在⽐对的表格中标记或者不标记⼀个单⼀位点，⼀次每条序列只能被标记⼀个位点，不同序列间的位点你可以选择同⼀列的，也可以是错开的，要根据⾃⼰的⽬的进⾏选择。选择标记后的序列可以使⽤align marked sites 进⾏⽐对分析。
Align marked sites:⽐对标记的序列，在这⾥如果在两个或多个序列间标记了不在⼀列的位点重新⽐对后会出现空格。如图：
Unmarked all sites：把所以标记的位点去标记；
Delete gap-only site：去掉序同是空格的⼀列；这在多序列⽐对前很有⽤。
Auto-fill gaps：使⽤空格补齐不同长度的序列。
Align by clustalw：此软件整合了clustalw程序，这也是它的⽅便之处，选择要⽐对的序列后点击会出现下⾯的对话框：

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