如何从下面的Gaussian输出文件中出轨道系数及轨道能!!(新手多谢),请帮忙标出来!!!
求助]如何从下面的Gaussian输出文件中出轨道系数及轨道能!!(新手多谢),请帮忙标出来!!!
The electronic state is 1-A1.
Alpha  occ. eigenvalues --  -20.58265 -11.33946  -1.39265  -0.87259  -0.69715
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.63950  -0.52294  -0.44073
Alpha virt. eigenvalues --    0.13573   0.24842   0.33338   0.37329   0.73660
Alpha virt. eigenvalues --    0.80783   0.84685   0.94689   1.10445   1.10700
Alpha virt. eigenvalues --    1.13937   1.27145   1.33529   1.62050   1.78192
Alpha virt. eigenvalues --    1.79416   1.99239   2.18347   2.23684   2.45514
Alpha virt. eigenvalues --    2.64513   2.87165   2.97616   3.27576   4.09792
Alpha virt. eigenvalues --    4.47637
     Molecular Orbital Coefficients
                           1         2         3         4         5
                        (A1)--O   (A1)--O   (A1)--O   (A1)--O   (B2)--O
EIGENVALUES --   -20.58265 -11.33946  -1.39265  -0.87259  -0.69715
   1 1   C  1S          0.00000   0.99566  -0.11060  -0.16262   0.00000
   2        2S          0.00047   0.02675   0.20981   0.33995   0.00000
   3        2PX         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   4        2PY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.42017
   5        2PZ        -0.00007   0.00066   0.17259  -0.18451   0.00000
   6        3S         -0.00024  -0.00743   0.08051   0.31309   0.00000
   7        3PX         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
   8        3PY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.15760
   9        3PZ        -0.00048   0.00135  -0.01160  -0.07970   0.00000
  10        4XX        -0.00002  -0.00272  -0.01628  -0.01333   0.00000
  11        4YY        -0.00006  -0.00202  -0.01365   0.03019   0.00000
  12        4ZZ        -0.00074  -0.00123   0.03302  -0.00166   0.00000
  13        4XY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  14        4XZ         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  15        4YZ         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000  -0.01394
  16 2   O  1S          0.99472  -0.00038  -0.19672   0.08889   0.00000
  17        2S          0.02094   0.00025   0.44184  -0.20351   0.00000
  18        2PX         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  19        2PY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.32122
  20        2PZ        -0.00153  -0.00029  -0.13537  -0.14216   0.00000
  21        3S          0.00436  -0.00058   0.37895  -0.27048   0.00000
  22        3PX         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  23        3PY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.17976
  24        3PZ         0.00006   0.00108  -0.04718  -0.06799   0.00000
  25        4XX        -0.00418   0.00015  -0.00022  -0.00041   0.00000
  26        4YY        -0.00383  -0.00011  -0.00073  -0.00413   0.00000
  27        4ZZ        -0.00356  -0.00019   0.01969   0.00906   0.00000
  28        4XY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  29        4XZ         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  30        4YZ         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000  -0.02339
  31 3   H  1S         -0.00002  -0.00020   0.03017   0.17902   0.19082
  32        2S         -0.00013   0.00210  -0.00537   0.06479   0.12026
  33 4   H  1S         -0.00002  -0.00020   0.03017   0.17902  -0.19082
  34        2S         -0.00013   0.00210  -0.00537   0.06479  -0.12026
                           6         7         8         9        10
                        (A1)--O   (B1)--O   (B2)--O   (B1)--V   (A1)--V EIGENVALUES --    -0.63950  -0.52294  -0.44073   0.13573   0.24842
   1 1   C  1S          0.01942   0.00000   0.00000   0.00000  -0.12212
   2        2S         -0.06075   0.00000   0.00000   0.00000   0.14896
   3        2PX         0.00000   0.32517   0.00000   0.40259   0.00000
   4        2PY         0.00000   0.00000  -0.19811   0.00000   0.00000
   5        2PZ        -0.37597   0.00000   0.00000   0.00000  -0.21086
   6        3S          0.03971   0.00000   0.00000   0.00000   1.98096
   7        3PX         0.00000   0.21231   0.00000   0.71124   0.00000
   8        3PY         0.00000   0.00000  -0.04477   0.00000   0.00000
   9        3PZ        -0.08856   0.00000   0.00000   0.00000  -0.74977
  10        4XX         0.00549   0.00000   0.00000   0.00000  -0.00273
  11        4YY         0.02734   0.00000   0.00000   0.00000  -0.01265
  12        4ZZ        -0.01933   0.00000   0.00000   0.00000  -0.00459
  13        4XY         0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  14        4XZ         0.00000   0.03558   0.00000  -0.03288   0.00000
  15        4YZ         0.00000   0.00000   0.06035   0.00000   0.00000Sample Text
相关回复：

作者: lixiaona158  发布日期: 2008-04-03
EIGENVALUES 后面的数字就是这个轨道对应的能量，但是它的单位是HF,一般使的时候需要换成电子福特，用这个系数乘27.2116就可以了。

作者: cuihang  发布日期: 2008-04-03
那个应该是基函数对应的能量，现在量子化学中的基组已经超出了原子轨道的范围。一般来说只有HOMO和LUMO是感兴趣的

作者: cuihang  发布日期: 2008-04-03
另外，注意#后面的关键字，如果选简略输出，会少很多信息

作者: liliracial  发布日期: 2008-04-03
以 1  (A1)--O分子轨道为例，O表示已占分子轨道，其下对应的EIGENVALUES --   -20.58265正则化收敛速率，就是该轨道的本征值，即轨道能量。在该值下面对应一长串的各原子各轨道对应的数值，就是各原子轨道组成该分子轨道的系数。原子轨道系数绝对值越大，说明该原子轨道对该分子轨道的贡献越大。对1  (A1)--O分子轨道而言，很明显主要是由O  1S 原子轨道组成，其轨道系数达到0.99472。

作者: zhaohongjie  发布日期: 2008-04-03
非常感谢大家的帮助!!!!

作者: zhaohongjie  发布日期: 2008-04-03
若是我还想算一下原子轨道贡献率呢?比如说算 (A1)--O分子轨道中碳C原子的,我要把它后面对应的1S、2S、。。。。。。直到4YZ对应的系数都加在一块吗？:)谢谢！

作者: gaochao85  发布日期: 2008-04-03
那你就做一个nbo 基本上你想要的轨道信息 一般都会有

作者: zhaohongjie  发布日期: 2008-04-03
不好意思,我是新手

作者: liliracial  发布日期: 2008-04-03
QUOTE:
Originally posted by zhaohongjie at 2008-4-3 09:37:
若是我还想算一下原子轨道贡献率呢?比如说算 (A1)--O分子轨道中碳C原子的,我要把它后面对应的1S、2S、。。。。。。直到4YZ对应的系数都加在一块吗？:)谢谢！
根据原子轨道线形组合成分子轨道，各个系数的平方之和应该等于1。要算贡献也应该是计算各系数的平方，而不是简单的加和。你可以看看结构化学或者量子化学这方面的资料。
nbo，是自然键轨道，Guassian03手册里面有这个关键字，可以去查查手册，看怎么用。
NBO布局分析
思路与Mulliken布居分析一样，但在以下几个方面有所不同 (1)计算原子上的电荷时所用的原子轨道不同： Mulliken分析用的是构建分子轨道的原子轨道，因而对基组有依赖性；而NBO分析用的是NAO [natural atomic orbital]原子轨道。    NAO是在对角化密度矩阵中一中心的块矩阵得到的[原话：diagonalization of one-center blocks of  the density matrix]; Since the NAOs form an orthonormal set, completely spanning the space of (generally nonorthogonal ) basis orbitals, the natural populations are inherently positive, and sum correctly to the total number of electrons.    重叠区电荷的分割是通过权重而不是均分的方式分给两个原子. (2) 给出了分子中各原子的NHO (Natural Hybrid Orbitals), 易于为普通的化学工作者掌握和解决问题. 构建NHO (Natural Hybrid Orbitals) 的步骤如下: [1]find the density matrix P in a basis set of natural atomic orbitals and diagonalize eath atomic subblock PAA to find the lone-pair hybrid on that center.    NBO程序默认布居数超过1.999e的轨道是core orbital,超过    1.90e的轨道是lone pair orbital. [2]for each pair of atoms A 、L, form the two-center density      matrix P (AL) .      NBO程序默认只有布居数超过1.90e的轨道才被考虑,如果    电子对的数目不够, NBO程序会继续搜索三中心的block,      直到体系的总电子数被满足 [3] sy
mmetrically orthogonalize the hybrids found in step 1 and      2 to find the final  natural hybrids orbitals. 
(3) 可以定量的给出轨道之间的相互作用能.
Gaussian寻过渡态经验小结（转贴）
相关搜索: 小结, Gaussian, 经验
寻过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。
  1.首先遇到的问题是，用哪种方法来寻过渡态？
  GAUSSIAN提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物，过渡态的猜测结构，产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用，一般不会出现不收敛的情况。对于TSN（对应关键词为OPT=TS）方法，只要求输入过渡态的初始结构，但这个初始结构非常的关键，如果结构不好，则很容易出现不收敛的情况。
所以我建议，如果是刚开始做过度态的话，用QSTN方法是好的选择，等有了“感觉”之后，再用TSN方法。
  2. 怎么解决经常出现的错误？
  在过度态的时候，经常碰到的一些问题就是（1）不收敛，（2）有一个错误的本征值（错误信息为：there is a wrong sign eigenvalue in )，（3）和LINK9999错误导致退出。对于不收敛的情况，可以分为两类，比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER 提醒收敛到了10（-5），而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步，那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10（-3）或10（-2），此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。 此时可采用SCF=QC，来达到强制收敛的目的 。因为SCF=QC（LINK508）的计算量比默认的L502要大，所以不到万不得以就不用它了。出现第二个错误可以直接用 关键词OPT=NOEIGEN 来实现。LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数，但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT（MAXCYCLE=100）和SCF（MAXCYCLE=300）来改错。
  3.怎么样控制过渡态的优化，使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去？
  我用GAUSS VIEW 可以解决这个问题 ，当刚开始运行GAUSSIAN时，你用GVIEW去打开输出文件时，你可以看到你的过渡态的初始输入结构，当一个循环过后（从上一个LINK502到下一个LINK502），你再打开输出文件，你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型，这样就可以随时监控过度态分子的结构，倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时，你就可以把它给KILL了，而不至于需要等全部工作结束后，打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。 如果收敛到其它的构型上去，可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3）即可。
  4. 还需要加其它的关键词吗？
  建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大到过渡态的几率。本人深有体会！
  5. 如何控制寻过渡态的步长？
  这个可以用IOP来实现。具体相应的IOP是iop(1/8)=2，此语句说明在过度态的时候，以2A（A为基本单位长度）为单位来寻过渡态。（转自量子化学网，作者：elizerbeth）
用Gaussian寻过渡态（Transition State）   
如何寻transition state
  Answer:    A sample route section
  #gfinput iop(6/7=3)
  #B3LYP/6-31G(d) Opt(TS,Noeigen)
  In order to increase the efficiency of the saddle point search,we could cal
  culate
  the force constants by adding "CalcFC" keyword.
  #gfinput iop(6/7=3)
  #B3LYP/6-31G(d) Opt(TS,Noeigen,CalcFC)

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