plink格式⽂件与vcf格式⽂件相互转化
movefile>idea创建项目没有spring选项有的时候在做数据分析的时候,会⽤到各种各样的分析软件,⽽每个分析软件⼜有与之相匹配的输⼊⽂件格式。格式不对,会很⿇烦,有时候会出现错误的结果,甚⾄就不能运⾏程序。⽽许多软件之间的⽂件格式是可以相互转化的。直接转化就可以⽅便很多。今天就来讲⼀讲plink的ped和map⽂件与vcf⽂件的相互转化。因为在许多情况下这两种⽂件格式是需要转化的。
⾸先介绍⼀下由plink转vc f
plink --file test --make-bed --out test_1 ###此步是将map和ped⽂件转换为⼆进制的⽂件
vlookup结合match函数plink --file test --make-bed --out test_1
plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf ###这样就把plink⽂件转换成vcf格式了(很简单吧!)
然后在介绍⼀下将vc f格式⽂件转化为plink格式⽂件
vcftools --vcf xx.vcf --plink --out xx
文件格式转换appwebstorm打不开哈哈,这个⽐上⾯的还要简单吧。真的说不清楚,有时候程序和软件真的很奇妙。
jfinalmysql数据库依赖
版权声明:本站内容均来自互联网,仅供演示用,请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198,我们将在24小时内删除。
发表评论