常见系统发育软件使用方法
Xie Lei  BJFU
1 Paup MP流程: Mac
准备nex文件(interleave和noninterleave均可) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→ execute → log file → cstatus → tstatus → hsearch → define outgroup → roottrees → savetrees → describetrees →contree(save to file) →save pict→bootstrap(save tree file) →print bootstrap tree→save pict. →stop log.
PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。
2 Paup ML 流程：Mac
准备nex文件(interleave和noninterleave均可) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型→生成score file→打开modeltest中的bin读取score数据→生成结果文档→存档并打开此文档→AIC→将begin paup
的运算模块贴至原nex数据文件后面→重新将其拖入paup运行→选择ML运算模式→hsearch→打印树图→save pict. →bootstrap.
PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。
3 Garli运算ML流程：
准备nex文件(interleave) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据）。
使用noninterleave文档（数据中类名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）→新建文件夹存入→按照流程2进行modeltest→在苹果机上打开Garli→导入数据→把model定好→run(切记此处不要激bootstrap选项)
将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→导入苹果版Garli→激活bootstrap选项→定好model→run
所有结果用paup软件打开→save pict→打开bootstrap树→做50% majority rule contree→save pict.
注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。
数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：
1 一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算
2 [ ]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。
3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。
Mac版
GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算。
PC版
Nex format plus a command file
每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。
4 Bayes 流程
Noninterleave 文件→贴运算程序到文件后面（见附录）→将其拷贝至MrBayes文件夹下→打开运行程序→execute 文件名.扩展名→运算结束后用paup运行源文件→从.t文件中取树→burnin→做50% majority rule contree→save pict.
5 r8s流程
按照流程2进行modeltest→按照流程2进行ML运算→运算结束print tree→检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支→如果有在restore和delete taxa中将这些类去除→存储带枝长的树到file(nex格式) →将树的taxa名称更换为实际类名称→将树文件贴至运算模版（见附录）→首先进行第一步cross validate→得到smooth值→替换smooth值再算一遍即可。
注：r8s:
该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。
先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomy。
在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。
一定要固定root，ingroup最好有一个以上的constraints.
运算两次，第一次为cross-validation得出smooth value，第二次再设置这个值算出最终结果。
6 BEAST流程
getsavefilename
Noninterleave 文档 → BEAUTI打开→ 定义节点→基本设置→化石点标定→生成xml文档→BEAST打开运算→运算完成→Tacer打开log文件→TreeAnnotator打开树文件→生成out文件→Figtree打开out文件。
7 DIVA
在数据文件中确定树形，标注分布区，然后运算
1 open DIVA
2 ;
3 optimize;
Batch: optimize maxareas=8 weight=0.5 bound=200 hold=10000;
8 Haplotype network简明流程：
1、NETWORK 4.5
用DNASP软件打开fas或者nex文件 → 另存为Roehl File Format文件（rdf格式）→ 用NETWORK打开 → 进行编辑（更改名称、连续的gap合并、添加删除序列等）后保存 → 选择Median Joining进行calculate network → 在新出现的窗口中导入rdf文件（也可以在这
一步直接导入noninterleave的nex文件而省去以上步骤，但是不能重新编辑）→ 设置参数后进行计算，生成out格式的输出文件 → 选择draw network，在新窗口中导入out文件 → 按照提示就可以生成network图，保存fdi文件或可另存为bmp或者pdf文件。
2、TCS 1.21
准备noninterleave的nex或者phy文件 → 导入TCS → 设置Parsimony Limit或Fix connection Limit，并定义gap后点击run → 运行完成后就会自动生成network图，编辑后保存GML文件或可另存为postscript 或者PICT文件。
9．推荐使用：
Mega 5. 全能系统发育分析软件，从序列校对到系统发育分析、分子钟、性状演化、居分析全能做。
Mesquite 2.7 也很全能，但是主要还是做性状演化分析。McClade是其收费版。
TNT是原来的Hennig86，做系统发育分析。
PAST十分强大的统计软件，居分析，分类学的morphometric分析很好。
S-DIVA川大开发的带统计功能的地理分析软件。
建议访问：evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html
附录1.最大简约法分析批处理文件
1.
begin PAUP;
log file=hsearch1.log;
set autoclose=yes;
set maxtrees=100 increase=auto;
hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes nchuck=200 chuckscore=1;
savetrees file= brlens=yes;
filter best=yes permdel=yes;
savetrees file=;
gettrees file=;
contree all/majrule=yes ;
log stop;
end;
2.
begin PAUP;
log file=hsearch1.log;
set autoclose=yes;
set maxtrees=100 increase=auto;
hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;
savetrees file= brlens=yes;
filter best=yes permdel=yes;
savetrees file=;
gettrees file=;
contree all/majrule=yes ;
log stop;
end;
2的策略较好，是hsearch中首选，而如果此程序运算时间太长则用上面一个程序。
本实用方法只提供hsearch，而branch and bound和exhaustive方法省略。
附录1*
export format=nexus interleaved=no （此为生成noninterleave文件命令）
附录 2. ILD分析
;
endblock;
charpartition dna=ITS:1-848,trnLF:849-3051;
begin paup;
set criterion=parsimony;
log file=iscap.hom;
hompart part=dna nreps=100/addseq=random;
hsearch swap=tbr;
endblock;
附录 3. Bayes分析
1. 单一模型
begin mrbayes;
lset nst=6 rates=gamma;

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