原图封⾯
如果说别⼈画图是折腾⾃⼰，那我画图可能就是折腾⾃⼰兼折腾主.......
⾸先在这⾥感谢何⼤哥哈（知乎：hewm2008）、很耐⼼的为我解答了许多问题。⾸先简要的说⼀下我这⾥作图的要求
RectChr主要⽤于基于Chr染⾊体⽔平上多层次的可视⼯具，对⼀些统计变量⽤点，线，柱状和heatmap、⾼亮，⽂本⽂字，彩虹链接, 连接，动态热度图，动态柱状图以及结合颜⾊【即线，散点，直⽅图，热图,⽂本, line, scatter/point, histogram , PairWiseLink，link，
heatmap(highlights)和text/ 】等 可视化各chr上各区域这个统计量，达到快速⼀眼看出规律，识别结果。 并且各种可以⾃⼰组合 ⾃由修改相关参数，使⽤⽅法极像circos的⼀样。
简单点说circos可以画的，这⼉均可以画，只是把圈圈图改为长⽅型的。其中⾃⼰搭配层颜⾊等，同时也⽐circos多了⼀些默认配置，⽤起来⼗分简单，如SNP GC密度 直接输⼊⽂件即可。
可以在多个场景应⽤，其中官⽅简要提供了10个实列，程序⽹址提供了这些实例的配置⽂件和输⼊⽂件。⽤法⽤法简单，在有相关数据的前提下，主要定义层数和各层的画图⽅式。具体内容可见软件介绍。
GWAS官⽅绘制解法及出图
出图结果
曼哈顿图.jpg
GWAS配置介绍
现画⾼级点的GWAS的曼哈顿图，主要要点如下：
1、RectChr多层，各层⾼度可以设不同，chr横放，其中chr间隙⼩点
2、Gwas的点层⽤point（PType = point）来画,⾼度⾼点（ChrWidth=100），不画背景（crBG="#FFFFFF"），和设置⼀下阈值线（Cutline=5）
3、其中⽤ Pairwiselink标同点的线，⽤text层画出gene名（Rotate=-90 # 旋转 90度 ⽂字）
4、其中text层和Pairwiselink画线的⽅式和颜⾊可以⾃⼰调，我这为了省事，⽤默认的。
我的配置代码
>>>>>>>## 全局参数 >>>>>>>>>>>
SetParaFor = global
File5  = ccc
File6  =
File1  =   ##  这个是必须输⼊参数，并且尽量放在最前，格式为[Chr Start End Value1 Value2 ... ValueN]
File2  =   ##  这个是必须输⼊参数，并且尽量放在最前，格式为[Chr Start End Value1 Value2 ... ValueN]
File3  =
File4  =   ##  其中⽤NA表⽰不画，chr End End NA不画但End可以⽤来贝记为chr的长度
ScaleNum=0
ValueX = 9            ##  多少层，类同circos多少个圈，这不设默认是N，即根据File1的格式来的，可以⾃⼰设
#Main="FST and XPEHH"
#MainRatioFontSize=0.8
ChrSpacingRatio =0.03  ##  不同染⾊体chr之间的间隔⽐例(ChrWidth*ChrSpacingRatio)
ChrArrayDirection = horizonta  ##  horizontal/vertical  chr是按纵排列还是横排列
##其它当很少⽤到的参数 BGChrEndCurve=1/等等
>>>>>>## Figure >>>>>>>>>>>>
Chromosomes_order=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26
>>>>>>    画布和图⽚参数配置 >>>>>>#
##
>>>>>>>## 各层的参数 >>>>>>>>>>>
SetParaFor=LevelALL  ##  下⾯是处理初始化参数 SetParaFor 参数处理，若为 LevelALL，即先为所有层设置的默认值
PType  = line      ##  线，散点，直⽅图，热图,⽂本和共线性link, line, scatter/point, histogram ，link, heatmap(highlights)和text,PairWiseLink ChrWidth=45
ShowYaxis=0            ##是否显⽰所有层的Y axis的起终点值，默认值此:0 不显⽰
NoShowGradien=1
BGChrEndCurve=1
ChrNameRatio=0.7
ShiftChrNameX=21      #chr右移动
ShiftChrNameY=175
#SizeGradienRatio=0.8  # 渐变条变⼩点
#ShiftGradienY=-120    # 渐变条上移
#ShiftGradienY=-120    # 渐变条上移
SetParaFor=Level1  #  下⾯开始处理第 1 层参数处理这⼀层啥都不画仅⽤背景条ShowColumn = File1:4
ChrWidth=10
PType  = EEE    #啥都不画空
SetParaFor=Level2    ##  下⾯开始处理第 2 层参数处理
PType  = text
ShowColumn = File6:8 ##  默认为file0 的4列，改为5
ciMid="0C0C0C“
crEnd="0C0C0C“
crBegin="0C0C0C“
crBG="#FFFFFF"  # ⽩⾊，即没有背景
ChrWidth=40  #  放text的名字宽度长点
Rotate=-90  # 旋转 90度⽂字
TextFontRatio=0.8  # ⽂字放⼤为原来的1.2倍
NoShowGradien=1  # 不显⽰渐变条
SetParaFor=Level3
ShowColumn = File6:8  ##  把file0的第四列⽤散点图形式画出来)
ChrWidth=20      ##这⼀层宽度调⾼点
PType  = PairWiseLink
StyleUpDown = UpDown
NoShowBackGroup=1 # 同 crBG="#FFFFFF"  ⼀样即没有背景ChrSpacingRatio =0
SetParaFor=Level4    ##  下⾯开始处理第 4 层参数处理
ShowColumn = File5:5  ##  默认为file0 的第5列，改为4
svg canvasBGWidthRatio=0.5        ## 背景的宽度变⼩点
ChrWidth=10
PType  = heatmap      ##  热图
SetParaFor=Level5  ##  下⾯开始处理第 5层参数处理
ShowColumn=File1:4  ##  把file1的第五列⽤散点图形式画出来)
crBegin="#FC0E31"
LevelName=FST_n-b
NameRatioFontSize=0.8
NameRotate=-70
ChrWidth=75
ShiftNameY=1
NameCol = "#1B1B1B"
crBG="#FFFFFF"
SetParaFor=Level6    ##  下⾯开始处理第 6层参数处理
ShowColumn=File2:4  ##  把file1的第五列⽤散点图形式画出来)
crBegin="#08894D"
LevelName=FST_n-w
NameRatioFontSize=0.8
NameRotate=-75
NameCol = "#1B1B1B"
ChrWidth=80
ShiftNameY=2
crBG="#FFFFFF"
SetParaFor=Level7  ##  下⾯开始处理第 7层参数处理
ShowColumn=File3:4  ##  把file1的第五列⽤散点图形式画出来)
crBegin="#31170D"
LevelName=XPEHH_n-b
NameRatioFontSize=0.8
NameRotate=-75
NameCol = "#1B1B1B"
Cutline=2
ChrWidth=80
crBG="#FFFFFF"
SetParaFor=Level8    ##  下⾯开始处理第 8层参数处理
ShowColumn=File4:4  ##  把file1的第五列⽤散点图形式画出来)
crBegin="#FFFD611"
LevelName=XPEHH_n-w
NameRatioFontSize=0.8
Cutline=2
NameRotate=-75

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