svg图RDKitRDKit分⼦结构图的详细说明
⼆维绘制结构式是⼈类了解分⼦形状和特性的第⼀步。
RDKit中有多个绘制引擎,通过使⽤不同的⽅法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深⼊研究RDKit的结构图,并说明SVG格式的绘制⽅法,该⽅法⾃2015.03更新起可⽤。可能有很多细节,但是了解幕后发⽣的事情通常会很有帮助。
导⼊模块和载⼊数据
⾸先,导⼊必要的库和分⼦。需要2020.03或更⾼版本的RDKit。
from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG
print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)
rdkit version: 2020.03.1
suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011165056.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)
200
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