conda的安装与使⽤（2021-04-27更新）
转⾃：卖萌哥
2021-04-27 update: 更新了提供conda镜像的⼤学的列表
2021-04-13 更新预告: 本来打算在阅读量过40万的时候更新⼀遍新的内容的. 但是时间精⼒实在是不允许我从头写⼀遍这个系列了. 所以⽬前的打算是在这个原⽂上直接进⾏修改. 把原⽂复制⼀份作为存档, 直接把过时的内容给删掉, 更新成新的.
2020-08-10 update: 添加了两个新的国内镜像.
2020-08-06 update: 添加了北外的conda频道，添加⼀些conda的报错信息及解决⽅法。
2020-07-08 update：更新了底部洲更学长的软件安装课程，现在已经在B站免费观看了~欢迎⼩伙伴们素质三连~
2020-06-14 update: 更新了mac⽤户的miniconda下载链接、更新了北外的镜像站点、修正了之前不将conda加⼊环境变量的刻板印象
2019-06-28 update: 增加删除、重命名conda环境的操作
2019-06-17 update: 普⼤喜奔！清华恢复了conda的镜像！清华  ！附上最新的添加清华镜像的命令！
2019-06-12 update: 发现了⼀个新的anaconda repo叫genomedk，添加了hoptop的搭建本地conda镜像的教程
2019-05-16 update: 有的⼩伙伴不知道怎么添加官⽅源，这边补充⼀下
2019-05-07 update: 万万没想到，腾讯的镜像⽐清华的先挂了……
2019-04-29 update: 更新了新的查软件的recipe，更新了腾讯源来取代即将挂掉的清华源
然后她很可爱的问我conda怎么装。。果断就把这篇教程丢给她了，但是发现现在的⽤法和以前的不是很⼀样了，所以就把原来的教程更新了⼀下以飨读者。
vim编辑器下载与安装
你要的gatk
conda简介
Conda 是⼀个开源的软件包管理系统和环境管理系统，⽤于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为Python 程序创建的，适⽤于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
安装conda
conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含⼀些常⽤包的版本（这⾥的常⽤不代表你常⽤ 微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使⽤miniconda。
下载⽹址
选择适合⾃⼰的版本，⽤wget命令下载。
这⾥选择的是latest-Linux版本，所以下载的程序会随着python的版本更新⽽更新（现在下载的版本默认的python版本已经是3.7了）
安装命令
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执⾏权限bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运⾏
注意，以前的教程都是教⼀路yes下来的，但是会有隐患，特别是当你的服务器之前有安装过软件的话，conda会污染你原来的环境，把你原来设置好的东西进⾏更改。具体的惨痛教训请参见：
Anaconda is a snake.
2020-06-14 update: 从下⾯不加⼊环境变量这⼀步开始，其实是⾮必须的（也就是正常的加⼊环境变量即可）。之前所谓的会污染环境等等问题可能都是将⼤量的软件直接安装在conda的base环境中引起的，只要养成好的使⽤习惯，灵活使⽤conda create 命令将不同的软件安装到⾃⼰单独的虚拟环境中就可以了。把conda这条蟒蛇关进⼀个⼀个的笼⼦⾥，才能更好的为我们的科研服务~
所以在询问是否将conda加⼊环境变量的时候选择no。
选择no
启动conda（⾮必须步骤）
2020-06-14 update: 只要正常的按照安装提⽰进⾏启动即可
在上⼀步选择no之后，输⼊conda是会报不到此命令的。那要如何启动呢？
到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下⾯，cd到miniconda3的bin⽬录下⾯，能看到有⼀个activate。
activate
这⾥需要给activate添加⼀下权限才能使⽤
chmod 777 activate
接下来启动conda
. ./activate #这⾥的第⼀个点跟source是⼀样的效果，我⽐较懒。
成功启动conda
当命令⾏前⾯出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输⼊conda list 命令就有反应了
conda list
添加频道
2019-05-16 update: 这个道理跟家⾥的电视机是⼀样⼀样的，安装conda就相当于买了⼀台电视机，但是有电视了不意味着你就能看节⽬了，你要⼿动添加频道才能看你想看的电视节⽬。
官⽅channel: (先不要急着添加这两个哦~，只要添加下⾯的清华的4个镜像地址就⾜够了的~)：
conda config--addchannels biocondaconda config--addchannels conda-forge
官⽅的话这两个channel应该就够了的。
2020-06-14 update：但是其实现在⽤国内的镜像⽐较多，官⽅的频道相较⽽⾔速度较慢。但也不是绝对的，有⼩伙伴跟我说他使⽤官⽅的频道也很流畅，所以见仁见智啦。另外，不建议加⼊⼤量的相同的频道，如添加了官⽅的bioconda之后⼜添加清华的bioconda镜像，没有必要，⽽且会拖慢速度。
2019-06-12 update：最近在装raxml-ng的时候发现了⼀个新的channel叫genomedk，各位也可以添加到condarc⾥去
# 这个频道有的时候会引起⽹络错误, ⽹络不稳定的朋友不建议加.conda config--addchannels genomedk
顺便安利⼀个我hoptop学长的教程：如何搭建⼀个本地的conda镜像（包含bioconda）供各位爱折腾的⾼端玩家。
2019-06-17 update: 清华恢复了conda 的镜像了！详情请看下⾯：
Anaconda 镜像即将恢复
借花献佛给⼤家复习⼀遍如何添加清华的镜像channels: 来源 → ⽣信媛: 喜⼤普奔: Anaconda的清华镜像⼜可以⽤了
2020-06-14 update: 为了分担清华源镜像的压⼒，最近北京外国语⼤学也开启了镜像站点，同样是由清华TUNA团队维护的，如果有⼩伙伴遇到清华源速度很慢的情况的话，可以考虑换成北外的镜像。
2020-08-05 update: 为了⽅便⼤家(当然主要是⾃⼰偷懒⽤), 把北外的链接也给写出来, 这样就可以直接复制粘贴了~当然两者取其⼀就可以了，不⽤重复添加.
2021-04-27 update: 更新了提供conda镜像的⼤学的列表
⽬前国内提供conda镜像的⼤学
(⽬测哈⼯⼤的镜像同步的是最勤最新的)
如果清华的或者北外的
显⽰安装的频道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已经添加的channels
conda config--getchannels
已添加的channel在哪⾥查看
vim ~/.condarc
利⽤conda安装⽣物信息软件
安装命令:
conda install gatk
搜索需要的安装包:
提供⼀个⽹址,⽤于事先查想安装的软件存不存在
conda available packages
2020-06-14 update: 链接已挂，请选择⽤下⾯的conda search命令或者开头提供的更新的⽹址
当然, 也可以⽤这个命令进⾏搜索（会稍微慢⼀点）
conda search gatk
安装完成后，可以⽤“which 软件名”来查看该软件安装的位置：
which gatk
如需要安装特定的版本:
conda install 软件名=版本号conda install gatk=3.7
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
查看已安装软件:
conda list
更新指定软件:
conda update gatk
卸载指定软件:
condaremovegatk
退出conda环境
退出也很简单，之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:
. ./deactivate# 或者⽤ conda deactivate
就退出当前的环境了
创建软件的软链接（⾮必须步骤）
跟着命令⼀路敲到这⾥的⼩旁友们估计发现了，现在退出conda环境之后之前安装的软件全都GG了，敲命令没法执⾏了！
怎么办呢！其实只要把安装好的软件软连接到⼀个处在环境变量⾥的位置就可以使⽤了。三步⾛：
第⼀步，创建⼀个⽂件夹
我⼀般的习惯是在/home⽬录下创建⼀个.soft⽂件夹
第⼆步，将这个⽂件夹添加到环境变量中
export PATH="~/.soft:$PATH"
第三步，软链接
ln-s~/miniconda3/bin/gatk ~/.soft
这样就可以运⾏啦~如果还是不⾏建议试试初始化⼀下bashrc：. ./bashrc
创建conda环境（常⽤步骤，强烈推荐）
之前创建的时候显⽰的是（base）这是conda的基本环境，有些软件依赖的是python2的版本，当你还是使⽤你的base的时候你的base⾥的python会被⾃动降级，有可能会引发别的软件的报错，所以，可以给⼀些特别的软件⼀些特别的关照，⽐如创建⼀个单独的环境。

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