一:Linux版高斯03的安装方法
安装g03有以下几步:例如我要安装到/home/xiaoyuan
1、拷贝高斯安装文件/home/xiaoyuan/Gaussian/目录下
用如下命令解压tar -zxvf filename
2、解压得到g03文件夹后,cd进入g03文件然后进入其bsd文件夹,运行./install
3、修改你用户路径下的.bashrc文件,比如你的用户名为xiaoyuan,则
vi /home/xiaoyuan/.bashrc
在最后的test -s ~/.alias && . ~/.alias || true下面添加以下几行:
  g03root=/home/xiaoyuan/Gaussian
  GAUSS_SCRDIR=/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/scratch
export g03root GAUSS_SCRDIR
   . $g03root/g03/bsd/g03.profile
其中第一行为高斯安装目录,第二行为高斯临时文件夹目录。
4、保存修改(按Esc建回到一般模式(左下角插入标志消失),然后打入:wq回车进行保存)退出.bashrc
然后运行source /home/xiaoyuan/.bashrc 如不提示错误就好了。
注:若要在进去bashrc修改,则按下Esc,然后按A 就可以编辑了.
5. /home/xiaoyuan/Gaussian/g03/下建立scratch文件夹。
6.可以放个小分子的ch4.gjf文件到scratch里面,然后cdscratch这个目录,运行命令g03 ch4.gjf& 运行,正常运行说明安装成功
二:
下面是我用的,你把你的改成相应的路径。
1)建立一个gauss.sh文件如下。
#! /bin/sh

g03root=/cluster3/gaussian
GAUSS_SCRDIR=.

export g03root GAUSS_SCRDIR


#LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/cluster3/gaussian/g03

if [ -z "${LD_LIBRARY_PATH}" ]
then
    LD_LIBRARY_PATH="/cluster3/gaussian/g03"; export LD_LIBRARY_PATH
else
    LD_LIBRARY_PATH="/cluster3/gaussian/g03:${LD_LIBRARY_PATH}"; export LD_LIBRARY_PATH
fi


linux使用vim编辑文件source $g03root/g03/bsd/g03.profil

2
然后在~/.bash_profile文件中source 这个文件
source gauss.sh
三:
2 编辑.bashrc文件。
用一个文本编辑器打开你的home下的.bashrc 文件,ubuntu下的vi ,不好用,新手不推荐用,我有一个.vimrc文件,如果你不知道怎么对这个文件修改,可以直接用我的附件里的.vimrc覆盖你home下的文件,你的 vi 会非常好用,言归正传,在你的.bashrc 文件最后加上这么几行
>>>>>>>>>>>>>## for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/home/userid/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH
>>>>>>>>>>>>>#带下划线加粗的地方要根据自己情况修改。

3 重启bash,当然不需要让你的机器重启。输入bash,或是再打开一个窗口就可以了。

4 win 下生成的*.gjf 文件因为格式问题不能直接使用,需要用dos2unix这个小工具转一下: dos2unix *.gjf

5 运行g03 有两种方式。
a) g03 foo.gjf,会生成一个foo.log文件
b) g03 < foo.gjf,会把输出放到屏幕上,可以用输出重定向。g03 < foo.gjf > foo.log
有地方说linux g03 的输入文件后缀名为,没有不要,linux下文件不区分后缀名。

6 有时会有这样的问题,开机后/tmp/userid/g03文件夹消失了,需要手工建一个才能用。

7 有一个脚本很简单可是功能很大,可以实现批处理
#!/bin/bash
for i in *.gjf
do
g03 < ${i} > ${i}.log
done
>>>
linux 下如何终止GAUSSIAN03 的运行
首先到GAUSSIAN03进程的PID,使用命令
ps aux | grep GAUSSIAN03
然后使用命令杀死进程
kill -9 PID #PIDGAUSSIAN03的进程序号
如果有许多子进程,使用
killall -9 PID

版权声明:本站内容均来自互联网,仅供演示用,请勿用于商业和其他非法用途。如果侵犯了您的权益请与我们联系QQ:729038198,我们将在24小时内删除。

发表评论