进化树
介绍几个进化树分析及其相关软件
大家好：我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN（LINUX）。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤： 要对所分析的多序列目标进行排列（To...
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。MEGA（分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。安装完成后，打开MEGA软件。在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。我们主...
利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树
利⽤MEGA-X选择模型及构建美化进化树今天主要介绍的是在MEGA-X图形界⾯下构建系统发育树并且对发育树进⾏美化。下载安装好MEGA-X后，⾸先打开软件。此处我们以⼀株细菌的16S rRNA序列为⽬标序列，⾸先在NCBI中进⾏Blast⽐对，下载将要⼀起⽐对建树的菌株序列。在NCBI中输⼊序列或者上传⽂件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16...
构建系统进化树的详细步骤-生物信息学交流论坛-生物秀论坛『中国生物科...
构建系统进化树的详细步骤-生物信息学交流论坛-生物秀论坛『中国生物科学论坛』-...1. 建树前的准备工作 1.1 相似序列的获得——BLAST BLAST是目前常用的数据库搜索程序，它是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，意为“基本局部相似性比对搜索工具”(Altschul et al.,1990[62];1997[63])。国际著名生物信息中心都提供基于W...
phylip中文使用说明
大家好：我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN （LINUX）。在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。进化树也称种系树，英文名叫¡Phyligenetic tree¡。对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：⑴要对所分析的多序列目标进行排列（To...
MEGA6使用教程——进化树的构建
MEGA6使用教程——进化树的构建首先，打开MEGA6软件。在主界面上方的菜单栏中，选择“File”→“Open Data Directory”来选择数据目录。在数据目录中，应该存在一个以.meg为文件格式后缀的文件，用于存储算法运行结果。如果不存在这样的文件，可以通过“File”→“New”来创建一个新的.meg文件。在.meg文件中，可以导入多种类型的数据，如DNA序列、蛋白质序列、线粒体DN...
进化树分析软件MEGA的用法
进化树分析软件MEGA的用法MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一款功能强大的分子进化遗传学分析软件，用于构建进化树、进行序列比对、计算基因组变异等。它提供了丰富的功能和易于使用的界面，使用户能够对生物序列进行详细的进化分析。下面是MEGA软件的用法详解。1.安装和启动MEGA软件2.导入序列数据在MEGA软件中，可以导入多种类型的序列数据...
进化树作图专题:盘点绘树的14款本地软件(转载)
进化树作图专题：盘点绘树的14款本地软件（转载）⼤家好！很⾼兴再次见⾯。本期，让我们进⼊最重要的主题：让数据说话，看看⾼⽔平专业期刊上发表的论⽂更青睐哪些软件进⾏进化树绘图。请注意，本期关注的内容全部是——本地软件！很多朋友也会选⽤在线⼯具作图，⽐如⽣信⼈往期栏⽬中介绍过的iTOL，以及evolview等⼯具作图，关于它们的情况我们将在以后的推送⾥进⾏介绍。这⾥，⼩编选取了12种专业进化树作图软件...
结合植物分类学对系统进化树进行评估怎么写
结合植物分类学对系统进化树进行评估怎么写一、系统发育树分支可靠性检验的方法在系统发育分析中，不同的建树方法（NJ,MP,ML and BI）重建不同的系统发育树，为评估分析结果的可靠性，必须要进行系统发育树的检验。对于NJ,MP和ML三种建树方法主要是采用自举抽样法（Bootstrapping），对于BI主要是用过后验概率（Posterior Probability）直观反映出各分支的可靠性而不需...
系统进化树-原理介绍及软件使用
系统进化树-原理介绍及软件使⽤--系统进化树-原理介绍及软件使⽤--什么叫系统进化？系统发⽣分析⼀般是建⽴在分⼦钟基础上的。分⼦钟：分⼦序列进化是按照⼀恒定速率进⾏的，所以积累突变的数量和进化时间成⼀定⽐例，基于这个假说，发⽣树上的树枝长度可以⽤来估算基因分离的时间。什么叫系统进化树（Phyligenetic tree）？系统进化树是对多序列⽐对（MSA）结果以树形图形式的⼀个呈现，对于研究进化关...
系统进化分析-Phylip
实习四 系统进化分析－Phylip一、实习目的1. 掌握利用MP、ML、NJ/UPGMA和FM法构建进化树。2. 学会使用bootstrap检验进化树的可靠性。二、实习内容1.查同源蛋白质或核酸序列2.利用CLUSTALX做前期准备工作3.利用MP、ML、NJ/UPGMA和FM构建进化树。三、作业任意选取五个以上的物种的同源核酸或蛋白质序列,分别采用最大简约法，最大似然法和距离法构建进化树，给出...
系统进化分析全记录——以HDZIP3家族为例(附自动化phylogeny程序)
基因家族分析流程⼋、⾃动化构建系统发育树程序。其实从多序列⽐对⼀直到构建系统进化树，已经是⼀套较为标准的流程了。之前也对这套流程做了个整合，写了个⼩程序。Phylogeny系统进化树的⼀键化构建——Perl_pipeline。之后对这个程序做了个优化，添加了可选参数以及氨基酸⽐对矩阵转为核酸⽐对矩阵 ( 流程图中的fasta2tree .pl)。做⼀个分享~fasta2tree.pl 帮助信息#!...
